Van 1957 tot 1963 was hij directeur van keramiekmuseum Princessehof in Leeuwarden. Hij promoveerde op Karel van Mander en was van 1963 tot en met 1992 docent kunstgeschiedenis aan de Universiteit van Amsterdam. 

Hessel Miedema was sinds 1960 lid van de VNK, als 'lid voor het leven'. In een uitgebreid dubbelinterview door Anne-Maria van Egmond samen met kunsthistoricus Marieke de Winkel in het Bulletin Kunsthistorici in 2013, in aanloop naar het 75-jarig lustrum, vertelde Hessel Miedema uitgebreid over onder andere de voorgeschiedenis van de basisleergroepen.“Je kwam kunstgeschiedenis studeren aan de universiteit. Per jaar kwam je met twee of drie anderen als eerstejaars aan. De professor (het was er maar één) gaf colleges, in zijn privatissimum behandelde je in kleine groepjes bepaalde thema’s, je werd voor de groep gezet om vragen van de professor te beantwoorden en zo groeide je als student langzaam in het vak. De professor bepaalde dan wanneer je voldoende gerijpt was om je kandidaats- of je doctoraalexamen te doen. (....) Toen ik na een paar jaar als docent terugkwam bij kunstgeschiedenis was er weinig veranderd. Je kwam studeren aan de universiteit en je zag maar hoe je rijpte. (...) Je moest die studenten toch iets bijbrengen, ze iets meegeven, vonden wij. We maakten instructiestencils, want hoe doe je dat, een scriptie schrijven? Waar zoek je je materiaal, hoe gebruik je het vakapparaat, de noodzakelijke bibliografieën en encyclopedieën? Dat is simpeler gezegd dan gedaan. Hoe leidt je mensen op tot vakmanschap? Hoe breng je studenten het handwerk bij, het metier?”

Over het belang van de kunstgeschiedenis
Over het belang van de kunsthistorische discipline stelde hij in zijn artikel Kunst is shit (1975) in De Gids: 'een kunsthistoricus zal zijn best moeten doen om waar te maken dat hij zinvol werk doet. (...) Het belangrijkste taakje dat ik voor de kunstgeschiedenis zie is, wantrouwig rond te lopen en op te letten of iemand een afbeelding niet historisch verkeerd interpreteert, er geen twintigste eeuwse begrippen op projecteert, kortom: het niet misbruikt. En misschien ook zulke dichtgeslibde structuren als het hier geattaqueerde kunstbegrip te analyseren en daardoor wat hanteerbaarder te maken. Het is geen indrukwekkende taak, maar het is misschien niet helemaal onbelangrijk.'

Madelon Simons en Thijs Weststeijn schreven een In Memoriam dat via onderstaande link te lezen is.